สารฆ่าเชื้อราในยุคแรกเป็นสารประกอบอนินทรีย์ ซึ่งในบรรดาผงกำมะถันและการเตรียมทองแดง (ดูส่วนผสมของบอร์โดซ์) ยังคงใช้มาจนถึงปัจจุบัน ในปี 1914 I. Reem จากเยอรมนีใช้สารประกอบปรอทอินทรีย์เป็นครั้งแรกเพื่อควบคุมเขม่าข้าวสาลี ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการพัฒนาสารฆ่าเชื้อราอินทรีย์
ในปี 1934 WH Tisdale และคนอื่นๆ ในสหรัฐอเมริกาได้ค้นพบคุณสมบัติในการฆ่าเชื้อแบคทีเรียของ dimethyl dithiocarbamate ตั้งแต่นั้นมา สารฆ่าเชื้อราอินทรีย์ได้เริ่มพัฒนาอย่างรวดเร็ว มีชุดสารฆ่าเชื้อราอินทรีย์กำมะถันหลักสามชุดที่พัฒนาขึ้นในทศวรรษที่ 1940 และ 1950 ได้แก่ ไทแรม ไดซัน (เช่น ซิงค์ไดซัน) และไตรคลอโรเมทิลไทโอไดเมทิลคาร์บอกซิไมด์ นอกจากนี้ยังได้พัฒนาสารอินทรีย์คลอรีน สารปรอทอินทรีย์ สารหนูอินทรีย์ สารฆ่าเชื้อราเหล่านี้ส่วนใหญ่เป็นสารป้องกันและมีข้อจำกัดในการใช้งาน
ตั้งแต่ทศวรรษที่ 1960 เป็นต้นมา สารเคมีฆ่าเชื้อราชนิดต่างๆ ได้ถือกำเนิดขึ้น และความก้าวหน้าที่สำคัญที่สุดคือการถือกำเนิดของสารฆ่าเชื้อราในระบบ
ในปี พ.ศ. 2508 ญี่ปุ่นได้พัฒนายาฆ่าเชื้อรากลุ่มออร์กาโนฟอสฟอรัส Daobenjing ในปี พ.ศ. 2509 สหรัฐอเมริกาได้พัฒนาวิสเทอริน ในปี พ.ศ. 2510 สหรัฐอเมริกาได้พัฒนาเบโนมิล ในปี พ.ศ. 2512 ญี่ปุ่นได้พัฒนาไทโอพาเนต Tricyclazole ได้รับการพัฒนาในสหรัฐอเมริกาในปี 1977 metalaxyl ได้รับการพัฒนาในสวิตเซอร์แลนด์ และอะลูมิเนียม triethylphosphate ได้รับการพัฒนาในฝรั่งเศสในปี 1978 สารที่เป็นระบบตามที่กล่าวข้างต้นได้กลายเป็นกระแสหลักของการพัฒนายาฆ่าเชื้อราตั้งแต่ทศวรรษ 1970 ในขณะเดียวกันยาปฏิชีวนะทางการเกษตรได้พัฒนาอย่างรวดเร็ว สารปรอทอินทรีย์ สารหนูอินทรีย์ และสารฆ่าเชื้อราอินทรีย์คลอรีนบางชนิดกำลังค่อยๆ หมดไปเนื่องจากความเป็นพิษหรือมลภาวะต่อสิ่งแวดล้อม ตัวแทนเชิงระบบรุ่นใหม่ได้ขยายตลาดเพิ่มเติมสำหรับสารฆ่าเชื้อราเนื่องจากผลการควบคุมที่ดีขึ้น ในช่วงปี 1980 มีสารฆ่าเชื้อรามากกว่า 200 ชนิด จากการสำรวจในปี พ.ศ. 2528 ยอดขายสารกำจัดเชื้อราทั่วโลกสูงถึง 2.54 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ คิดเป็นร้อยละ 18.4 ของยอดขายสารกำจัดศัตรูพืชทั้งหมด
ในปี พ.ศ. 2527 ยอดขายของสารที่เป็นระบบในสารฆ่าเชื้อราคิดเป็นร้อยละ 44.2 และสารที่ไม่เป็นระบบคิดเป็นร้อยละ 55.8 เป็นเวลาเกือบครึ่งศตวรรษแล้วที่การพัฒนาสารฆ่าเชื้อราได้เน้นไปที่สารสำหรับป้องกันและรักษาโรคเชื้อราเป็นหลัก ในขณะที่การวิจัยและพัฒนาสารสำหรับป้องกันและรักษาโรคที่เกิดจากแบคทีเรียและไวรัสยังคงไม่เพียงพอ ตั้งแต่ปี 1950 เป็นต้นมา จีนได้พัฒนาสารป้องกันกำจัดเชื้อราเป็นส่วนใหญ่ ตั้งแต่ทศวรรษ 1970 เป็นต้นมา บริษัทได้เริ่มพัฒนาสารฆ่าเชื้อราและยาปฏิชีวนะทางการเกษตรอย่างเป็นระบบ และได้หยุดใช้สารปรอทอินทรีย์ เนื่องจากเทคโนโลยีการใช้สารฆ่าเชื้อราค่อนข้างซับซ้อน ความเร็วในการพัฒนาจึงไม่เร็วเท่ากับยาฆ่าแมลง อย่างไรก็ตาม ผลของการป้องกันของสารฆ่าเชื้อราต่อผลผลิตทางการเกษตรได้รับการยอมรับจากเกษตรกรมากขึ้นเรื่อยๆ ด้วยความทันสมัยของการเกษตรของจีน การพัฒนาสารฆ่าเชื้อราจะเร่งตัวขึ้นอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้